Auslöser für die hygienische Modernisierung Münchens war die Choleraepidemie von 1854 mit über 2 000 Opfern, deren Ursache Pettenkofer fälschlicher Weise allein in der Boden- und Grundwasserbeschaffenheit und nicht in den von Robert Koch entdeckten Bakterien sah. Trotzdem waren die Maßnahmen, die das naturwissenschaftliche Multitalent durchsetzte, richtig, so dass es in der Folge zu keiner Seuche in München mehr kam.
Der umfangreiche Nachlass (Pettenkoferiana) von Max von Pettenkofer (1818 – 1901) wird in der Bayerischen Staatsbibliothek verwahrt.