Die Abteilung für Handschriften und Alte Drucke verwahrt auch die Musikhandschriften mit überwiegend einstimmiger Musik bis zum Jahr 1500 sowie wenige Codices mit mehrstimmiger Musik mit den Signaturen Mus.ms. (Buchstabenreihe A bis C sowie die Einzelsignatur Mus.ms. 3725), Clm und Cgm.

Bekannte Musikhandschriften aus dem Bestand der Handschriftenabteilung sind u.a. der St. Emmeramer Mensuralkodex (Clm 14274), das Buxheimer Orgelbuch (Mus.ms. 3725) und die von Hans Mielich angefertigten Prachthandschriften der Bußpsalmen von Orlando di Lasso (Mus.ms. A I und II plus Erläuterungsbände) und der Motetten von Cipriano de Rore (Mus.ms. B plus Erläuterungsband).

Alle anderen Handschriften mit mehrstimmiger Musik sind im Bestand der Musikabteilung zu finden.

Bei den ca. 300 Musikernachlässen werden die Musikhandschriften und Notendrucke in der Musikabteilung (Signaturengruppen Mus.ms. und Mus.pr.), der "literarische" Anteil (Briefe, Dokumente usw.) in der Abteilung für Handschriften und Alte Drucke verwahrt und erschlossen (Ana-Signaturen).