Der historische Grundstock der Musikabteilung geht zurück auf die Musikalien der Hofbibliothek und der Bayerischen Hofkapelle, die im 16. Jahrhundert europäischen Rang besaß. Es ist sehr ungewöhnlich, dass die bayerischen Herzöge schon damals gezielt musikalische Quellen für ihre Hofbibliothek sammelten, unabhängig vom Aufführungsmaterial, das die Hofkapelle benötigte. Auf diese Weise wurden die Grundlagen dafür geschaffen, dass die Bayerische Staatsbibliothek heute die reichsten Bestände aus diesem Jahrhundert besitzt.

Im 17. und 18. Jahrhundert wuchsen die Musikalien der Hofkapelle jedoch wesentlich stärker als diejenigen der Hofbibliothek. Kern dieser Kapellbestände sind die insgesamt 75 erhaltenen Chorbuch-Manuskripte im Folio-Format: eine im In- und Ausland einzigartige Sammlung, die 1523 unter Ludwig Senfl begonnen wurde und unter Orlando di Lasso ihren Gipfel erreichte. Hiervon zu unterscheiden sind die kostbaren Handschriften, die zum persönlichen Besitz der bayerischen Herzöge und Kurfürsten gehörten.

 

1857 wurde eine eigene "Musikalische Abteilung" gegründet und die Bestände wurden vertieft erschlossen. Seitdem wurden auch die Notendrucke, Musikhandschriften und Bücher über Musik systematisch erworben und ergänzt. In dieser Zeit gelangten z.B. das Chorbuch des Magisters Nikolaus Leopold sowie die Nachlässe von Joseph Rheinberger und Franz Lachner in die Bibliothek. Zentrale Sammlungen mit historischem Aufführungsmaterial der Münchener Hofmusik kamen in zwei großen Abgaben ins Haus: 1860 die Orchester- und Kirchenmusik der Hofmusik-Intendanz, 1922 der Grundstock aus dem Bereich der Hofoper.

 

Nach 1945 wurde die Erwerbung der Notendrucke auf die außereuropäischen Länder ausgedehnt. Einen starken Aufschwung nahmen die Bestandsergänzungen bei älteren Notendrucken sowie die Sammlung von Nachlässen und Musikhandschriften. Erwähnt seien hier nur die zahlreichen Musikautographen von Max Reger, Richard Strauss, Hans Pfitzner und Gustav Mahler, einzelne Werke z.B. von Joseph Haydn, Wolfgang Amadeus Mozart, Ludwig van Beethoven und Robert Schumann sowie die Nachlässe von Günter Bialas, Werner Egk, Wolfgang Fortner, Karl Amadeus Hartmann, Felix Mottl, Carl Orff und Ermanno Wolf-Ferrari.

 

Die Musikabteilung besitzt auch einen beträchtlichen, bislang relativ unbekannten Fundus an kommerziellen Mikroverfilmungen von Beständen anderer Bibliotheken (siehe  Mikroformen zur Musikwissenschaft).